勤務医の確定申告：バイト先が2か所以上ある年の手順

公開 2026-10-04税金確定申告バイト

常勤先とバイト先の両方から給与をもらう勤務医は、確定申告が必要になることが多いです。国税庁の基準、源泉徴収票の集め方、「20万円ルール」の誤解、住民税の申告までを整理しました。

勤務医は、常勤先の給与に加えて、当直や外来のバイト先から給与をもらうことがよくあります。給与が2か所以上から出ている年は、年末調整だけでは税金の精算が終わらず、確定申告が必要になる場合が多いです。この記事では、国税庁の基準に沿って「申告が必要かどうか」「何を集めて、どう合算するか」「住民税はどうなるか」を順に整理します。

確定申告が必要になる条件

国税庁のタックスアンサー No.1900 は、給与所得者でも確定申告をしなければならない人を挙げています（確定申告をすれば税金が還付される人は除く）。勤務医に関係が深いのは次の2つです。

条件	国税庁の基準
給与の年収が高い	給与の年間収入金額が 2,000万円を超える人
給与が2か所以上	年末調整されなかった給与の収入金額と、給与所得・退職所得以外の所得の合計額が 20万円を超える人

1つ目は、バイトの有無に関係なく、給与の合計が2,000万円を超えれば申告が必要という基準です。2つ目は、常勤先で年末調整を受け、バイト先の給与は年末調整されていない、という典型的な勤務医の形にそのまま当てはまります。

なお、2か所以上から給与を受けている人には、給与の合計から一部の所得控除を引いた金額が150万円以下で、ほかの所得が20万円以下なら申告不要、という例外もあります（No.1900 の注）。ただ、医師の給与水準でこの例外に当たることは少ないと考えられます。

「20万円ルール」のよくある誤解

「副業が20万円以下なら申告しなくてよい」という話はよく聞きます。ただ、No.1900 を読むと、20万円の中身は人によって違います。

給与が1か所の人：給与所得・退職所得以外の所得（原稿料など）の合計額が20万円を超えるかどうか。
給与が2か所以上の人：年末調整されなかった 給与の収入金額 と、給与以外の所得の合計額が20万円を超えるかどうか。

つまり、バイト先からの給与は「所得」ではなく 収入金額 のまま20万円と比べます。当直を年に数回しただけでも、バイト先の給与の額面が20万円を超えれば、それだけで基準を超えます。講演料や原稿料が別にあれば、それも合わせて数えます。

また、この20万円は所得税の話です。住民税には同じ省略の仕組みがありません（後述）。

バイト先の源泉徴収は「乙欄」が基本

給与の支払者は、源泉徴収税額表の「甲欄」「乙欄」「丙欄」を使い分けて税額を求めます（No.2511）。

甲欄：「給与所得者の扶養控除等申告書」を提出している人への給与。勤務医なら通常は常勤先です（No.2520 では「主たる給与」）。
乙欄：それ以外の支払者が払う給与。バイト先の給与はこちらになるのが基本です（「従たる給与」）。
丙欄：日給や時給で、あらかじめ定められた雇用契約の期間が2か月以内の場合などに使います（No.2514）。

No.2520 は、従たる給与は原則として年末調整できないので、本人が確定申告で精算すると説明しています。源泉徴収された額は、あくまで仮の天引きです。年間の正しい税額と一致するとは限らず、確定申告で差額を払うか、戻ってくるかが決まります。

申告の手順

1. 源泉徴収票をすべて集める

源泉徴収票は、給与の支払者が、給与を支払ったすべての受給者について作成し交付するものとされています（No.7411）。常勤先の分だけでなく、単発のバイト先も含めて、その年に給与をもらったところすべての分をそろえます。年明けに届かないものがあれば、支払者に依頼します。

2. 給与を合算して税額を計算し直す

確定申告では、すべての給与を合算して給与所得を出し、所得控除を引いて税額を計算します。各源泉徴収票の「源泉徴収税額」の合計が、すでに払った分です。計算した年税額との差額が、追加で納める額（または還付される額）になります。年の途中で常勤先を移った場合、前の勤務先の源泉徴収票で確認できない給与は年末調整に含められず、確定申告で精算することになります（No.2674）。

3. 期限内に提出する

確定申告の期間は、原則としてその年の翌年2月16日から3月15日まで、申告と納付の期限は原則として翌年3月15日です（No.2020）。2026年分なら、2027年3月15日が期限の目安です。

住民税の申告を忘れない

所得税で確定申告が不要になる人でも、住民税は別です。横浜市と名古屋市は、住民税には所得税のような申告の省略範囲がなく、給与以外の所得が20万円以下でも住民税の申告が必要だと案内しています。一方で、所得税の確定申告をした場合は住民税の申告もしたものとみなされ、改めて住民税の申告をする必要はないとしています。

勤務医の場合は、上の基準で所得税の確定申告をするケースが多いので、結果として住民税の申告も済むことになります。所得税の申告が不要だった年だけ、住民税の申告が残っていないかを確認するとよいと思います。扱いの細部は自治体ごとに案内があるので、迷ったらお住まいの市区町村のページを見てください。

金額の見当をつけるには

バイト収入を足したときに税金がどれくらい増えるかは、バイト換算ツールで本業の年収とバイトの日当・回数から試算できます。合算後の年収での手取りは手取り計算ツールと年収別の手取り早見表で確認できます。乙欄の天引き額と年間の税額の差は、こうした試算で大まかに見当をつけておくと、申告時に追加で払う額に驚かずに済みます。

この記事は国税庁のタックスアンサーと自治体の案内をもとにした一般的な整理です。所得の種類が多い場合や、年の途中で退職・転職した場合などは、税務署や税理士に確認してください。

出典

確認日 2026-10-04。数値は出典の公表時点のものです。